
En raison du caractère intégrateur des organismes vivants peuplant un milieu aquatique superficiel, sa qualité biologique peut être évaluée à partir de l'analyse de leurs peuplements. La composition faunistique et floristique d'un milieu résulte de l'ensemble des facteurs écologiques qui le conditionnent (régime hydrologique, niveau de contamination aux polluants chimiques, morphologie du lit, degrés d'artificialisation du lit…).
Les variables biologiques ont été progressivement utilisées comme outil d'évaluation de la qualité des eaux et des systèmes aquatiques et apportent des informations complémentaires par rapport aux indicateurs physico-chimiques car elles intègrent les effets sur la faune et la flore des différents paramètres, mesurés ou non, et leurs variations dans le temps (saisonnalité).
L'utilisation de deux variables biologiques est actuellement mise en œuvre en routine dans les rivières réunionnaises :
Ces types de méthodes visent à diagnostiquer une pollution de l'eau ou une dégradation globale de l'habitat sans préjuger des causes de ces altérations. Elles ciblent la caractérisation des perturbations par leurs effets et non par leurs causes.
Elles sont mises en œuvre à la Réunion par différents partenaires techniques et financiers dont les principaux sont l'Office de l'eau Réunion et l'Arda. Les campagnes de prélèvements sont réalisées en saison d'étiage, une fois par an tous les ans et concernant l'ensemble des rivières de l'île selon une logique d'échantillonnage amont-aval.
A La Réunion, depuis quelques années un développement méthodologique est amorcé sur ces deux variables. Il est nécessaire de le renforcer afin de finaliser la mise au point de tels indices en cours d'eau tropicaux et d'initier la définition d'autres indices portant sur d'autres groupes et notamment les diatomées (algues microscopiques) afin d'obtenir une vision la plus globale possible de l'état des eaux. Il est également nécessaire de développer des méthodes similaires applicables sur les étangs de l'île.