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Différents méthodes d'évaluation de la qualité biologique des cours d'eau ont été progressivement mises au point en France métropolitaine. Elles s'appuient sur l'examen des peuplements de groupes faunistiques et floristique.
La plus ancienne, la méthode de l'Indice biologique global normalisé (IBGN) utilise les macroinvertébrés benthiques et périphytiques (larves d'insectes, crustacés, mollusques, vers, sangsues...). L'emploi de l'IBGN est spécialement indiqué pour les perturbations qui induisent une modification de la nature du substrat et de la qualité organique de l'eau :
- rejet de type urbain ou industriel à dominante organique,
- pollution par les matières en suspension,
- effets secondaires de certains types de rejet (organiques, métalliques) et de l'eutrophisation par dénaturation des fonds.
L'IBGN fait l'objet d'une normalisation Afnor.
Par ailleurs l'IBGN traduisant la structure d'une biocénose constituée d'organismes intégrateurs sur le long terme, il est surtout sensible à des perturbations de type chronique ou bien à des perturbations de type intermittent mais suffisamment intenses pour entraîner une mortalité immédiate.
En France métropolitaine, d'autres méthodes indicielles normalisées sont aujourd'hui opérationnelles comme l'indice biologique diatomées ou IBD (examen des peuplements d'algues microscopiques à carapace siliceuse), l'indice poissons rivières ou IPR (examen des peuplements de poissons), l'indice oligochètes de bioindication des sédiments (IOBD).
Conçues et développées en contexte hydro-climatique tempéré, trois de ces méthodes (IBGN, IBD, IPR) restent adaptables et transférables selon leurs grands principes dans le contexte spécifique de l'île de La Réunion.
Cependant, un travail important d'amélioration des connaissances taxonomiques sur certains groupes (invertébrés, diatomées), de l'écologie des espèces, des facteurs perturbants s'avère aujourd'hui nécessaire afin de finaliser la mise au point de véritables bio-indicateurs tropicaux réunionnais qui pourront être utilisés de façon simultanée.
Les enjeux liés au développement de telles méthodes sont cruciaux et permettront de :
- répondre aux exigences du nouveau cadre législatif national et européen de la gestion de l'eau et des milieux aquatiques (Directive cadre européenne sur l'eau de 2000 et Loi sur l'eau de 2006) et notamment aux obligations de surveillance de l'état des eaux,
- de disposer d'outils robustes de diagnostic complet et fiable, d'estimation des dommages subis par les milieux récepteurs destinés aux divers gestionnaires et acteurs locaux de la gestion de l'eau.
D'une manière générale, on s'oriente vers l'utilisation d'une palette de bioindicateurs, de méthodes multi-indices sous l'impulsion forte de la Directive cadre européenne sur l'eau.
C'est dans cet esprit que sera défini par l'Office de l'eau Réunion et ses partenaires le cadre conceptuel, sorte de mode d'emploi, pour le développement opérationnel et appliqué de telles méthodes spécifiques à La Réunion. Des démarches similaires commencent également à être engagées dans d'autres Dom.